La imagen de la Virgen de Belén fue encontrada debajo de una piedra. En ese mismo lugar, a fines del siglo XVI, jesuitas y aborígenes construyeron la iglesia con adobe, madera, cuero, cubierta de torta de barro y paja, piso de tierra, con campanas traídas de Chuquisaca. En las esquinas del atrio de la iglesia, se ubican las capillas posas.

El interior, ornamentado con pinturas que le brindan una belleza sencilla y atrapante, representan a santos y santas, mártires, doctores y fundadores, uno de los escasos ejemplos de este tipo de arte que se conservan en la Argentina. Fue declarada Monumento Histórico Nacional.