En 1593, año fundacional de la ciudad, en el lugar que hoy ocupa la catedral, se instaló el primer edificio. Su fundador Don Francisco de Argañaraz, ordeno que antes de iniciar cualquier construcción se mandase a edificar la Iglesia Mayor. Entre 1606 y 1612 se construyó una segunda iglesia, derrumbada en 1631 por acción de la lluvia. Don Alonso de Tobar donó treinta pesos con lo que se construyó la torre. Esta segunda iglesia ya estaba bastante venida a menos en 1621 y casi en ruinas en 1631. Un año antes había comenzado la guerra Calchaquí que duro, como la europea, treinta años e impidió o dificultó las obras públicas, hasta que fue gran parte destruida por el terremoto de 1692, por lo que la capilla de San Roque debió oficiar de parroquia; aun en 1736 la matriz no había vuelto a su sede. La iglesia actual en su cuerpo fundamental fue realizada entre 1761 y 1765, costeado por Agustín de Leiza y de la Tijera, quien al parecer hizo equipar la iglesia, entre otros casos, con el Púlpito, obra de talla de excepcional del arte colonial español, distinguido por lo que representa en el sentido teológico del dogma católico, sino también por la exquisitez de sus tallas en madera que llaman la atención de todos los que tienen la suerte de contemplarlo, mandado a construir, de su propio peculio, por Agustín de Leiza y de la Tijera en 1761. Se dice que su constructor y tallista fue el maestro de la Sierra de Agua, Diego Hernández.

Es una obra de neto barroco español por la profusión de adornos y la abundancia de figuras, las que, por otra parte, hablan de un argumento de fácil interpretación y de un profundo sentido cristiano. Su estructura está basada en el célebre pasaje de las Escrituras que fue tomado del Libro del Génesis. El mismo relata cuando Jacob huyendo de su hermano Esaú, a quien había privado de la bendición propia del primogénito, se durmió de un largo viaje y vio en sus sueños una escala que teniendo su base en la tierra remataba en el cielo. Por ella subían y bajaban los ángeles, mientras que en su cima Dios mismo hablaba a Jacob, para ratificarle que de su descendencia habría de nacer el Salvador del mundo.

Para materializar esta idea, el tallista escribió con gruesos caracteres la genealogía de Jesús, verdadero descendiente de los patriarcas. Esto queda confirmado en la cátedra del púlpito donde están representados los cuatro evangelistas, quienes en escritos narran la vida, pasión, muerte y resurrección de Jesucristo.
En el centro del retablo, San Agustín, padre de la elocuencia sagrada y uno de los doctores de la Iglesia, representa una admonición para el sacerdote que predica la Palabra de Dios. El tornavoz del púlpito, posiblemente la parte mejor lograda por la belleza del tallado, muestra al Espíritu Santo en forma de paloma junto a cuatro querubines; que según el relato del profeta Isaías, cantan delante del trono del Señor. Rematan la magnífica obra el Ángel de la Trompeta del Juicio Final, que ha de congregar a los vivos y a los muertos, en la segunda venida de Cristo a la Tierra. Sin duda esta figura es todo un llamado a los fieles a la conversión y al arrepentimiento.

El púlpito está trabajado de ñandubay y cedro, conservando en todo su esplendor a pesar del tiempo. Su dorado de legítima hoja de oro de ley, si bien ha sufrido los embates de los años, todavía resalta a la luz del templo, dándole un aspecto de indescriptible belleza.

Luego, entre finales del siglo XIX y 1906, se modificaron partes sustanciales de la obra restando del periodo virreinal solo los gruesos muros de casi 1,80 metros de espesor, el púlpito y un confesionario.

El ámbito de la iglesia, de una sola nave de construcción virreinal, está muy transformado por el equipamiento de principios de este siglo, especialmente el cielorraso que oculta la estructura de madera, el altar mayor y una pilastra revestida en mármol que intentan dar ritmo a la simple pared lisa.

En su pared sur se abrió una capilla para la Virgen del Rosario de Río Blanco y Paypaya, donde también se guarda el Santísimo Sacramento.

Exteriormente las modificaciones de 1906 y 1910 alteraron totalmente la apariencia del edificio. La primera modificación sobre el cuerpo de la iglesia, la fachada y la torre de oro, sin duda, un aspecto más elegante le imprimieron un estilo italianizante.

La fachada se organiza en un piso de orden corintio con dobles columnas exentas y pilastras; el sistema del orden se corona con una balaustrada que recorre todo el perímetro de la iglesia. Sobre ella se levanta la única torre en eje con la entrada, que se divide en dos cuerpos: ciego el más bajo, abierto como el cuerpo de campanas el segundo; una pequeña cúpula remate el conjunto.

Para la época del centenario de 1810 se construyó el atrio lateral que sirve de espacio intermedio con la calle para quien se dirige a la entrada lateral de la iglesia desde la calle Belgrano.

Está resuelto con dos entradas, una en el centro de cada lado, más importantes la que da a la Plaza, concebida como pequeño templete en un orden Jónico en escala mayor que el sobrio toscano del resto del atrio.
En esta Catedral, el sacerdote jujeño Juan Ignacio Gorriti, vicario general del ejército, bendijo el 25 de mayo de 1812 la Bandera Argentina, creada por Belgrano, que instantes después fue jurada por las tropas y el pueblo frente al Cabildo. El hecho quedó perpetuado en un magnífico óleo de Luis De Servi, efectuado durante el centenario del acontecimiento y que flaquea uno de los laterales del templo.

También se venera la imagen de Nuestra Señora del Rosario de Payapaya y Rio Blanco, declarada por el mismo general Patrona Capitana de los Ejércitos del Norte.

La imagen del Cristo Yacente, atribuida al escultor español Martínez Montañés, es una de las más logradas entre las que existen en el país, incluso por su articulación. La custodia trabajada en plata, esmeraldas y oro se destaca por sus exquisitos detalles, lo mismo que los confesionarios de la época, pulcramente conservados. Existe también una notable colección de cuadros de la escuela cuzqueña. En el atrio puede observarse la placa recordatoria, donde están depositados los restos del Dr. Teodoro Sánchez de Bustamante, Diputado por Jujuy al congreso de Tucumán. Declarada Monumentos Histórico Nacional por Decreto Nº 1347 del 16 de mayo de 1931. El templo fue elevado a la categoría de catedral al instituirse, en 1935, el Obispado de Jujuy.

Custodia de la Catedral de Jujuy La custodia (pieza de oro, plata u otro metal, en que se expone el Santísimo Sacramento a la pública veneración de la Iglesia Catedral de Jujuy, está realizada en oro amarillo, plata y esmeralda. Fue adquirida, junto a varios ornamentos sagrados, para la antigua Iglesia Matriz por el general Agustín de Leiza y Latijera, aproximadamente en la década de 1750.

Magnánimamente, quiso que se proveyera a este templo, con lo mejor que se pudiese conseguir en España y en el Nuevo Mundo. De este modo, se la obtuvo en la ciudad de Cádiz, curiosamente, también apodada igual que San Salvador de Jujuy. “Tacita de Plata”.

Desde el puerto de Buenos Aires, llegó a lomo de mula. Pasó a integrar desde entonces, el patrimonio de la vieja Matriz colonial.

Su valor intrínseco es incalculable. Aun hoy, es difícil encontrar en el país otras custodias que pudieran parangonarse con esta. Su extraordinaria realización artística y los materiales reunidos por los orfebres gaditanos, tiene, como lo dice el testamento de Leiza y Latijera, un metro de altura. Se compone de un sol de más de cien rayos, en el que se alternan los rayos de plata con los recubiertos de esmeraldas de Colombia. Está rematado por una cruz de oro.

El viril, es también de oro cubierto de esmeraldas, circundado por una representación de nubes de plata repujada con ocho querubines. El sol de la custodia va colocado en el pie de la misma. Es desarmable. De otra manera sería imposible sostenerla, debido al gran peso que tiene. Este pie está realizado en forma de nubes, con otros ocho querubines. El remate es del mismo diámetro que el sol antes descripto.

Contiene motivos de las Sagradas Escrituras a saber:

a) El arca de la Alianza.
b) La mesa de los panes de la proposición.
c) El libro del cordero
d) El pelicano.

Inauguración del mástil en el atrio de la Iglesia Catedral el 25 de mayo de 1938, tuvo lugar una ceremonia presidida por José de la Iglesia, con la que se inaugura oficialmente el mástil ubicado en la Catedral Jujeña. El izamiento de la bandera fue realizado por Pedro Buitrago, gobernador de Jujuy. Acto seguido, el aludido prelado destacó los contornos del significativo acontecimiento que tenía la obra para la Provincia. De ese modo, se fusiona el sentir patriótico con el religioso, tan arraigados en el pueblo jujeño.

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