En 1599 se organizó la primera construcción del templo pero en 1912 se comenzó la edificación que perdura hasta la actualidad. La obra estuvo a cargo de Manuel Macci, Isidoro Delgado y José Cosentini.
El diseño de la Basílica es de estilo neoclásico, como la torre con columnas corintias, donde la nave con forma de cruz latina es cubierta por una cúpula octogonal, completando la construcción siete altares de mármol de Carrara, en los que se conservan algunas pinturas y antiguas imágenes de los templos anteriores.
Tiene la cualidad de tener un corte italiano, en el que se combinan elementos barrocos y neomanieristas, posee una exquisita ornamentación interior y alberga un museo de Arte Sacro que fue inaugurado el 18 de Marzo de 2008 con la misión de preservar y difundir el rico patrimonio artístico-religioso que la Orden conservó a través de los siglos. Además, resguarda a San Francisco de Asís, con la condición de contemplar el crucifijo que sostiene con su mano derecha, viste el hábito de la Orden ornamentado con rasos detalles geométricos y vegetales en oro. La imagen es de madera dura tallada, de policromía no originaria, barniz, ojos de cascaron, realizada en Cuzco en el siglo XVII.
En el 2008 recibió el título de basílica. Fue declarada Monumento Histórico Nacional.