Hacia fines del siglo XIX, al fundarse la Facultad de Filosofía y Letras, se reabre en el país un fuerte debate «identidad nacional, del pasado prehispánico y de las influencias culturales». El Museo fue fundado en 1968. SALA 1: Facultad de Filosofía y Letras – UBA. 100 años en la Quebrada de Humahuaca. SALA 2: Piezas de cerámica de formas y tipologías variadas, collares de cuentas de diversos minerales de cobre, lentejuelas para coser sobre los vestidos, pendientes de alabastro, herramientas-utensilios de piedra y metal y tabletas rituales para la ingesta de alucinógenos que aparecen en contextos mortuorios. SALA 3: La exposición “Habitar la Quebrada: 10.000 años de Historia” refleja un proceso que se remonta a las primeras ocupaciones prehispánicas registradas en la Quebrada de Humahuaca con diez mil años de Historia. SALA 4: Los primeros habitantes de la Quebrada de Humahuaca. SALA 6: Las formas de asentamiento en la Quebrada. SALA 7: El Pucará de Tilcara fue el poblado prehispánico de mayor extensión de la Quebrada de Humahuaca.