El museo ocupa la casa que perteneció al Coronel Don Manuel Álvarez Prado, ilustre héroe gaucho de la Quebrada de Humahuaca en las luchas por la Independencia argentina. Fue inaugurado oficialmente como museo en el año 1974, manteniendo su arquitectura original de estilo colonial. La gran gestora fue la artista plástica Carolina Álvarez Prado, bisnieta del Coronel y discípula del escultor Soto Avendaño, quien fuera directora desde los inicios de la Institución.
En el museo se exhiben pertenencias del Coronel Álvarez Prado, bocetos y obras de yeso donadas por el artista plástico de gran trayectoria, Ernesto Soto Avendaño, quien ganara el 1° Premio Nacional para la Ejecución del Monumento a los Héroes de la Independencia, realizado en 1928 e inaugurado en la ciudad de Humahuaca el 23 de agosto de 1.950.
El museo también realiza durante todo el año diferentes actividades culturales relacionadas a lo que hoy se conoce como Patrimonio Cultural Inmaterial. El edificio fue declarado Monumento Histórico Provincial en el año 1958.
